На первые несколько пунктов попробую написать рекомендации в свободной форме.
Первое и самое главное — чтобы хорошо изучить программирование на РНР, надо хорошо изучить программирование. Это очень важная вещь. Большая часть людей, пишущих на РНР, не имеют ни малейшего представления о программировании. Даже о таких базовых вещах, как форматирование кода, отладка, профайлинг, обработка ошибок, файловые операции. Можно заметить, что я не говорю об ООП. Это совсем отдельная тема, ООП надо учить специально. К сожалению, из 100 человек, которые говорят, что знают ООП, 90 являются банальными копипастерами, выучившими синтаксис, но не понимающими смысла объектов. Но чтобы играть в шахматы, недостаточно знать, как ходят фигуры.
Ещё неплохо бы ответить себе на вопрос — для чего ты хочешь выучить программирование на РНР? Вопрос совсем не праздный. Многие люди смешивают в нем кучу разных понятий. К примеру, здесь уже упоминали CMS. и действительно, если речь идёт о зарабатывании денег, то кастомизация Джюмлы и написание к ней говномодулей в финансовом плане куда более выгодны, чем умение писать что-либо с нуля. Для фриланса, во всяком случае.
Вообще, РНР можно использовать очень по-разному. И для каждого случая это будет свой язык.
- Можно склепать гостевую или сайт-визитку на «голом» РНР — и ничего плохого или позорного в этом нет. Наоборот — это плюс языка, который годится и для таких целей, не таща за собой пару миллионов строк кода ради сайта из пятисот.
- Можно написать профессиональный портал, взяв за основу какой-то из существующих фреймворков, и заниматься его развитием.
- Можно написать кастомный хайлоад проект, для которого нужно будет писать собственный фреймворк опять на голом РНР.
- Можно, как уже говорилось, клепать сайты на основе какой-нибудь ЦМС.
Вариантов масса! поэтому нужно определиться сначала, чего хочется.
Там выше говорили про JS+CSS — не надо слушать, это полная ерунда. Фронтенд программирование — совсем отдельная вещь, куда больше визуальная, чем абстрактная. И, слава богу, все больше работодателей начинают понимать это. Хотя опять же — если фрилансишь и на все руки мастер — то без этого никуда.
Но если работать хардкорным серверным программистом в команде, то об HTML/JS/CSS нужно иметь только общее представление (поскольку тексты на этих языках являются, вообще-то, практически единственным результатом работы РНР).
А вот что обязательно нужно хорошо знать из сопутствующих технологий — это протокол НТТР, устройство файловой системы, работа c командной строкой в линуксе.
Теперь по остальным
Mysql всё ещё является краеугольным камнем хранения данных в вебе. Нужно знать и понимать джойны, индексы
Фреймворки — обязательно. Тут, правда, стоит проблема выбора, но принципиальной разницы между ними нет. Yii — неплохой выбор.
Гитхаб тебе не нужен, знать его не обязательно. Знать надо git.
А вот что является обязательным для веб-программиста — это умение пользоваться гуглем. Хотя бы на уровне умения скопипастить в поисковую форму сообщение об ошибке или написать вопрос «Что такое git» ;-)
Потому что для работы в команде какую-либо систему контроля версий знать надо, а git является стандартом де-факто. Понимать принцип работы и базовые команды — чекаут, коммит, пуш.