В emmet есть встроенные фильтры, которые указываются в конце строки после |.
Это странно, но многие про них не знают.
В вашем случае нужно использовать сразу два фильтра: bem и jade.

article.post>.__header+.__content+.__footer|bem|jade

Это развернется в привычный JADE

article.post
              .post__header
              .post__content
              .post__footer

Настроить вывод фильтров можно здесь:

Preferences -> Package settings -> Emmet -> Settings - User

Вот пример настройки:

{
  "syntaxProfiles": {
    "html" : {
      "filters" : "html, bem"
    }
  },
  "preferences": {
    "bem.elementSeparator":"__",
    "bem.modifierSeparator":"--",
    "bem.shortElementPrefix":"-"
  }
}

Еще есть отличная штука Bemto