И при чем тут
когда какой-либо из скрипов создает папку на сервере, к примеру если я устанавливаю CMS которая сама себя распаковывает из архива, в эту папку я не могу ничего загрузить. FTP-клиент выдает ошибку
Им не нравится именно веб интерфейс и то, что надо запускать программу в веб браузере.
Плюс есть момент, когда к компьютеру необходимо подключать дополнительное оборудование, наподобие сканера штрих кодов, считывателя карт и т.п, или еще что нить по COM порту.