Вопрос необходимо конкретизировать, рассматривать некоторые вещи на "сферическом коне в вакууме" невозможно.
По скольку ваша стратегия наверно будет ориентирована на пользователей компьютеров и реалтайм, Node.js вполне уместен, поскольку PHP не очень дружит с сокетами, а вы их скорее всего и будете использовать.
Чистый WebGL - тот еще мазохизм, наверное вы будете использовать какую-то библиотеку. Если вы ориентируетесь на 3D, можно порекомендовать вам использовать Three.js, который, к тому же, может рендерить на основе Canvas. То есть, если компьютер игрока не поддерживает WebGL, можно переключиться на Canvas без особых изменений кода.