Как уже сказали, нода - это тоже бекенд. Используются вместе путем разделения запросов к ноде и пхп по урлу или имени сервера.
Например, по урлу. Запросы вида /api/что-то/ идут на пхп, все остальные - на ноду. Т.е. запрос клиента приходит на nginx, тот перенаправляет его на ноду, она отрабатывает логику и делает запрос в nginx на /api/что-то/, который, используя правила location - перенаправлет его в php.
По домену - аналогично. Просто в nginx будет для разных типов запросов разные server блоки со своими site_name (и, возможно, своими listen, если мы хотим разнести эти точки входа по разным портам или ip адресам). Если запрос на www.domain.com - запрос на ноду. Если запрос на
localhost - запрос в php. Соответсвенно, нода делает запросы на localhost (тоже через nginx).
Теоретически, нода может работать напрямую с PHP без промежуточного nginx, по протоколу FastCGI, но такая схема почти не используется. И из-за того, что работать из ноды с http проще, и из-за гораздо большей гибкости управления конфигурацией, тогда как дополнительные накладные расходы из-да nginx между нодой и пхп - весьма малы относительно общего времени обработки запроса.