Обычно не допускается нагрузка дисковой подсистемы на 100%, но это на нормальных VPS.
Правильно ли я понимаю, VPS сервер - это один VDS на котором стоит нечто похожее на Virtual box, и уже в нем поделены ресурсы основного VDS на мелкие VPS ?
Работает кеширование.
Потерпите пару дней и prefetch соберёт все нужные данные, тогда тормоза пропадут.
Кстати, убедитесь, что сам prefetch не отключен (так бывает, если вы поставили какую-нибудь гогносборку от Васяна или оптимизатор от него же).