Не рекомендую ничего делать с сайтом. Как бы ни было жалко работу, своя репутация дороже - это на случай, если вы хотите навредить.
Но:
1. Вы можете попробовать найти заказчика, для которого написан сайт, написать ему письмо или связаться другим способом и разъяснить, что вся работа по сайту на самом деле была сделана не студией, а лично вами. Можете вкратце пояснить, что студия с вами не расплатилась, и если заказчику нужны будут доработки, то пусть он связывается с Вами напрямую, а не через студию, которая вас "кинула".
2. Сайт смело можно добавлять в свое портфолио и искать другую работу.
3. Деньги жалко, но это всего лишь деньги и всего лишь один из тысяч эпизодов этой жизни. Постарайтесь взять от ситуации больше позитива. Испортить репутацию нехорошей студии можно и позже, когда вы поймете, что никаких других вариантов нет, а вы уже нашли другую работу и там вас оценили.