D' Normalization: Согласен на все 100%. Вся эта муть связана с SEO-оптимизацией и маркетингом, которая в свою очередь тоже имеет очень туманные очертания в народных головах.
lfoma: MVC обычно уже подразумевает определенную структуру папок. То есть придется вдумчиво читать документацию к фреймворку, что куда ложить и как писать.
Uxus Greenwood: Хотя я думаю не обязательно для этого брать отдельный сервер. Можно держать тестовую версию на том же сервере, что и продакшн. Просто дать тестовой версии другой домен или поддомен и все.
Репозиторий это папка с файлами вашего сайта. От обычной папки он лишь отличается наличием папки .git с содержимым этой папки, которое и использует git для работы.