Максим Ярошевич

Начинать надо с организации структуры данных. Всё важное - на сервер, на нём бэкап локально + бэкап в облако, например, S3 совместимое - делается скриптами без проблем.
Все базы 1С - в SQL, бэкап из него, тоже локально и в облако.
При необходимости удалённой работы - организовать VPN на офис.
Сотрудникам сообщить, что за файлы на их компьютерах не хранить ничего важного рабочего, за сохранность данных на них они отвечают сами.

В итоге получаем надёжную, легко управляемую структуру, с легко настраиваемым резервным копированием и удалённо работой.

И да, на RAID сильно надеяться не стоит.

Для длительного хранения - записать на внешний HDD (не SSD) и хранить в надёжном месте, можно на BD записать, и тоже хранить в надёжном месте.
Описанная задача - это не бэкап (оперативная резервная копия), а архивация (длительное хранение), так что тут скорее всего только у себя, потому что на отрезке, например, 10-15 лет, а это не так много, надеятся на облака я бы не стал.

и сохранять на том же яндекс диске

- ничего не настораживает? Резервные копии по умолчанию ДОЛЖНЫ ХРАНИТЬСЯ ОТДЕЛЬНО ОТ ДАННЫХ. Реализуется скриптом, но для начала надо придумать куда, как вариант - в другой сервис или локально.

Встроенные средства, история файлов, или бесплатный Veeam.

Без рута никак, только ручками все из магазина ставить. Скорее всего идеология не позволяет такое сделать.

Систему можно бэкапить встроенными средствами, базы данных - своими, с файлами - надо думать в зависимости от ситуации. Хранить бэкапы или ещё лучше их копии - на Linux-сервере, с подключением только на время копирования - недавно в гости зашел шифровальщик - часть бэкапов на виндовых шарах была потеряна, до потери данных дело не дошло.

Похоже, хранится как данные приложения, просмотром диска не виден.

Нужны более подробные данные. По 1С - если это SQL версия - то средствами SQL и бэкапить , работает отлично, данные и системы можно архивировать встроенными средствами, всё резервные копии должны быть на отдельном устройстве, лучше всего на хорошем NAS не под Windows, кроме того - он не должен показывать папки в Windows - защита от шифровальщиков.
Мониторинг - как вариант Zabbix - можно настроить что угодно и как угодно.
Защита сети - тут только после подробной информации, но сразу напрашивается корпоративный антивирус и файрволл.
Сервера желательно иметь все виртуальные - намного удобнее в обслуживании.

500 Гб - это немного, проще всего приобрести внешний диск на 2Тб и периодически делать копии на него, можно и Яндекс диск подключить.

Резкрвное копирование при подключении внешнего диска есть в Veeam Agent.

Имхо не стоит так делать - лучше настроить Windows backup по расписанию, проще будет восстановить.

А если попробовать сделать резервную копию встроенным резервным копированием, а потом развернуть на новом диске? Имхо должно сработать.

Навскидку - размер базы и журнала? Обслуживание базы делается - стандартным планом обслуживания?
Практически то же самое настроено на боевом сервере и работает без вопросов уже давно:

EXECUTE master.dbo.xp_create_subdir N''\\bdserver\sql2008$\db1''

GO
BACKUP DATABASE [db1] TO  DISK = N''\\bdserver\sql2008$\db1\db1_backup_2018_01_04_163005_0456141.bak'' WITH  DIFFERENTIAL , NOFORMAT, NOINIT,  NAME = N''db1_backup_2018_01_04_163005_0416137'', SKIP, REWIND, NOUNLOAD, COMPRESSION,  STATS = 10