ведите учет не времени, а результатов. требуйте предварительной временной оценки каждой единицы работы и следите за ее корреляцией с реальным временем.
запрещать что-то бесполезно, если человек не хочет работать, он все равно работать не будет
Так же был положительный опыт использования FogBugz & Klin (репозиторий Mercurial). Там вообще шикарная система. Можно получить бесплатный аккаунт для 2-х пользователей, или использовать платный доступ, 25$ с пользователя в месяц.