Вадим

Сталкивались с такой проблемой, никаких путных вариантов решения не нашли, кроме замены трубки, и, в некоторых случаях, базы. Возможно, несовместимость каких-то версий ПО базы и трубки, или конкретные экземпляры трубок косячные.
С трубками W73H такие проблемы тоже иногда бывают.
Писали в ТП ipmatika.ru, получили ответ, что проблема может быть в неисправных адаптерах питания базы.

Без анализа автозагрузки невозможно дать какие-либо дельные рекомендации.
Если Dr. Web CureIt, KVRT не помогли, обращайтесь на форумы лечения:
virusinfo.info
safezone.cc
forum.kasperskyclub.ru
Сразу читаем правила раздела, создаём тему с логами.
На первых двух форумах я присутствую. Почему лечиться лучше там, а не спрашивать совета здесь - 2 основные причины:
1. Удобнее, ответят быстро и только компетентные специалисты.
2. Приватность, посторонние не увидят ваши логи, в которых может быть конфиденциальная информация.
Можете выложить ссылкой лог по правилам этих форумов здесь, можно ссылкой, отвечу.

Настройки программы находятся в %APPDATA%\PhonerLite, удалите перед переустановкой.

Заходите в Y.Browser с Яндекс ID? Если да, настройки, в т. ч. расширения синхронизируются.
Когда удаляли браузер, галку «Удалить настройки браузера, историю просмотров и другие данные» ставили?