Можно вот таким скриптом на bash
find . -name '*.pdf' | xargs -I % sh -c 'gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=%.tmp %; mv %.tmp %'
Он находит все файлы, оканчивающиеся на .pdf в текущей директории и для каждого создает новый сжатый и по окончании заменяет старый новым сжатым.
Но необходимо установить ghostscript -
sudo apt install ghostscript