Во первых дело точно не в асинхронности, тайм-аут не причем. А во вторых у вас там какие то крутые css правила на этот класс, можно их тоже в вопрос добавить, потому как ошибка явно где то там, когда вы удаляете класс все правила от него уже не работают, следовательно у вас что-то должно плавно закрывать ваше меню, но я не понимаю что. Добавьте весь css принадлежащий к коду.