VoidVolker

В убунте есть "Startup Disk Creator" - используйте его для создания загрузочной флешки с виндой. Еще есть всякие BalenaEtcher, Ventoy и прочее. Плюс тут есть поиск: Нужен аналог программы rufus для linux, где можно выбрать mbr?

Для автозапуска не нужно делать сборку ядра линукса. Достаточно поставить любимую версию линукса на малинку и далее просто настроить автозапуск вашего приложения. Про systemd уже сказали, если хочется чего-то особенного - есть и другие механизмы и особенности автозапуска. Все давно задокументировано, описано и пережевано.

Как быть теперь?

Есть несколько вариантов: если надо спасти винду - то восстанавливать её загрузчик; если не особо надо - то просто загрузившись с live-usb сохранить нужные данные, удалить все разделы и поставить винду с нуля.

И как мне в будущем "грамотно" установить 2 ос?

Вот так: https://qna.habr.com/q/1217552#answer_2247584
Если диск один и линукс нужен на время - то лучше всего поставить виртуалбокс и в нем играть в линукс. Если все же очень хочется вторую ось именно поставить - изучайте загрузчики, как их ставить и настраивать, а так же структуры дисков для разных ОС и как все это вместе заставить работать, чтобы потом не было мучительно больно.