Для автозапуска не нужно делать сборку ядра линукса. Достаточно поставить любимую версию линукса на малинку и далее просто настроить автозапуск вашего приложения. Про systemd уже сказали, если хочется чего-то особенного - есть и другие механизмы и особенности автозапуска. Все давно задокументировано, описано и пережевано.