В свернутом окне сделать клик можно только если это окно считывает клик из сообщений окна и только если это в винде, в других ОС системное API немного по-другому работает. Все, других вариантов нет, кроме как взлома самого процесса игры. Большинство игр, особенно трехмерных, используют различные API для работы с пользовательским вводом - в некоторых случаях эмуляция проходит через эти API, в некоторых - нет. А еще в играх, особенно в онлайновых, предпринимают специальные меры для противодействия эмуляции ввода и читерам, что еще больше усложняет написание ботов для игр, но не делает это невозможным. Иногда достаточно стандартного API, иногда - нужен драйвер в ринг ноль, чаще - реверсинг и взлом самой игры.
Для начала надо определить, каким именно образом игра работает с пользовательским вводом и уже после этого искать возможность его эмуляции.