Самые первые ОС были очень простыми и там было очень мало функционала и приложения представляли из себя простой исполняемый файл. Который пользователи каждый клал куда захотел и оттуда использовал. Затем, с каждым годом ОС становились сложнее, у них появился графический интерфейс, разветвленный системный API, появилась своя файловая структура и многое-много другое. А за ОС потянулись и приложения - они стали сложнее, появились файлы конфигураций, библиотеки, системные библиотеки, появилась необходимость размещать много файлов по разным местам - появились установщики приложений, а в ОС появился централизованный интерфейс для удаления приложений, появились деинсталляторы, которые правильно удаляли все раскиданные приложением файлы по разным местам. И с каждым годом все усложняется и усложняется. Да, какие-то приложения вполне адекватно работают в "портативном режиме", но многим приложениям требуется полноценная установка. Например, без полноценной регистрации в реестре офисный пакет будет не очень удобно использовать, т.к. не будет файловых ассоциаций, плагинов для браузеров и прочего. Антивирусы устанавливают в систему свой сетевой фильтр и сервис мониторинга. Или, например то же самое автообновление не сможет обновить какое-то приложение, т.к. оно банально не найдет правильно установленной версии. Так что лучше используйте полноценную установку приложений в новой ОС.
