Ashampoo UnInstaller однозначно. Умеет делать снимки файловой системы и реестра, сохранять отчеты и умеет их сравнивать, а потом вычищать весь этот мусор без следов. А последние версии даже в реальном времени отслеживают. Раньше вроде даже по отчету инсталлер паковал, но как сейчас — не знаю…
