Vlad911

Без разницы на чем реализовывать — с каждым шагом на будете упираться в производительность запросов.
Т.е. нужно решить две задачи:
а) выборка по схеме данных за допустимый период
б) получение данных за допустимый период
Грубо так:
10³: любой хранилище с индексами по полям участвующим в запросе (практически любой sql-сервер)
10⁴: поля участвующий в запросе кодируются в ключи (денормализация или NoSQL)
10⁵: скорость выборки — шардинг хранилища + многопоточность выборки + проблемы с соединениями, здесь уже ломать голову нужно какая у вас архитектура, какие технологии используете
10⁶: скорее всего вы уже сами будете отвечать на такие вопросы :)

Ну раз знаете Java, то хорошо бы и писать на Java. Тем более сейчас фрэймворков для веба очень много: Play, Struts, Spring, Stripes…

А если запросом:

delete db2.table from db2.table 
join db1.table 
on (db1.table.f1=db2.table.f1 and db1.table.f2=db2.table.f2 and db1.table.f3=db2.table.f3...)

Во второй базе останется дельта, которую затем нужно залить в первую.