Берёте какой-нибудь опыт требующий дифференциального вычисления и моделируете его. Дифференциального вычисления, чтобы было приемущество перед другими (выводить дифференциальные уравнения тяжело, а на компьютере считать просто). Благодатная тематика - это электромагнетизм.
Я лично, когда диплом магистра защищал написал программу производяющую моделирования поведения низкотемпературной плазмы в сверхвысоком электирическом поле.