1. Настрой свой VPN так, чтобы он не прописывал себя как шлюз по умолчанию (default gateway). В этом случае тебе будут доступны ресурсы внутри VPN-сети, но трафик будет идти через VPN только при обращении к этим ресурсам.
2. Подними прокси сервер, настрой его так, чтобы он обслуживал только запросы изнутри VPN. Тогда запросы к этому прокси будут идти через VPN, а остальной трафик - напрямую.
Ну или попробуй настроить ShadowSocks, оно поднимает локальный прокси, который заворачивает свой трафик в туннель до сервера.
В принципе то же самое можно провернуть даже с помощью SSH, через dynamic port forwarding.