1. На всех страницах в тег h1 прописать название сайта и сделать его скрытым через visibility:hidden.
Горячечный бред, который может даже повредить сайту. Клоакинг же.
И по поводу СЕО-мифа об одном H1 на странице:
спецификация html52. Теги h2. Оставить только один на странице, остальные заменить на h3
Чушь.
3. Убрать метатеги верификации в кабинетах вебмастеров поисковых систем, заменить их на файлы.
На позиции никак не повлияет, но я бы прислушался. Просто незачем светить свои ключи всем подряд. Да и это ж проще и реализовать и поменять в будущем.
4. Убрать со ссылок text-decoration:underline, т.к. "это плохо влияет на СЕО".
Горячечный бред.
5. Валидатор css находить в стилях бутстрапа ошибки, соответственно их надо исправить.
Смотря какие ошибки.
6. Нужно установить сертификат Trustwave Easy Trust, а Comodo не желательно. Тут вот я не знаю, в чем принципиальная разница между сертификатами?
:)
Let's Encrypt, если вообще надо этот SSL :)
SSL сертификаты, разные по цене. А в чем разница? - в наглости продавцов. :)
А в целом, если у него есть аргументы - пускай даёт обоснования - откуда он это высосал. Оф. заявления/инструкции ПС напр.