Можно как-то определить, какие из них уже проиндексировались, а какие нет?
Проверить в каждой ПС :) Хелпы как проверять есть в них же.
Но какая разница - проиндексировалось или нет. Если где-то есть/остался (ещё никем не проиндексированный или выкинутый из индекса!) кривой бек, по которому придет юзер, то что?
И влияет ли вообще хоть как-то их количество на работу и рейтинг сайта?
Если речь идет не о тысячах таких строк в хтацессе, то не влияет.
горит стереть неиспользуемые 301 редиректы
Можно стирать хоть всё. Потом
постоянно посмотреть логи ошибок и восстанавливать используемые.