Индексируется конечная, на которую попадёт робот после всех редиректов.
Самое простое - открыть в браузере. Если ты во всех случаях будешь попадать на страницу с одним и тем же url, то все норм. Если нет - тогда да, будет считаться дублированием (например, спокойно можешь зайти на site_ru и site_ru/index.php).
Можно ещё rel=canonical добавить, главное, чтобы не получилось, что каждый из дублей о себе как о первоисточнике заявлял.
Совсем на крайняк можно отловить дубли и директить на желаемую через htaccess.