Походу, сеошник там что-то свое мутит, что ж... делать придется... тут (по ситуации) главное, не мешать людям...
Конкретно по вопросам:
1. сложно сказать, позитивно повлиять может, но временно. вообще, прятать что-либо в h1 и тому подобных сеошных тэгах может привести к фатальным результатам.
2. тут по обстоятельствам, зависит все от содержания.
3. тут тоже полезность спорна, но я бы делал файлом, может, чтобы пользователи не видели, а может и поисковики...
4. по ссылкам так: может быть, сеошник собирается вставлять ссылки в неуместные для человека места, в этом случае seo-ссылки визуально должны быть максимально приближены к тексту и "не выделяться" из общей картины. Скорее, это больше для восприятия людьми, чем как-либо влияет на seo.
5. такие ошибки исправляет и сам бутстрап, не думаю что необходимо бежать вперед паровоза, периодически обновляйте версии. время течет, все меняется, что раньше было правильно, завтра будет выдавать warning.
6. по сертификатам верно следующее утверждение: чем дороже серт, тем он лучше. Правда, тут маленькая поправка на реселеров. Некоторые сертификаты можно купить за разные деньги у разных реселеров - тут уже надо смотреть.