Константин

https://ru.wikipedia.org/wiki/FHS

Вобще это хороший старый вопрос на собеседованиях, что бы понять в чем человек разбирается лучше, ответов на него в интернете полно, очень странно что вы собираете информацию по кусочкам.
Наиболее подробно ( на мой взгляд ) описано тут: habrahabr.ru/company/htmlacademy/blog/254825 и тут Вы в браузере набрали адрес сайта, нажали Enter. Расскажите максимально подробно о технических процессах происходящих далее?

Не уверен что понял правильно вопрос, но если что есть auditd , который позволяет мониторить почти всё, в том числе и "Чтение/запись или изменение прав доступа к файлам;" . Информации в интернете полно, например вот: https://xakep.ru/2011/03/30/54897/

Но это тяжелая артиллерия, возможно вам подойдёт обычное логирование средствами samba ( инфы тоже в инете полно, например вот: avz.org.ua/wp/2010/03/05/samba-detailed-logging )

Не слушайте тех, кто в debian/ubuntu/mint вам _не_ _советует_ ставить из пакета, больше проблем получите, да и систему засрёте.

Если поставили из пакета, то сделайте "update-alternatives --config java" , в выводе команды будет нужный вам путь .

Крайне советую вам сделать выбор самому, поможет в этом: habrahabr.ru/post/267721 . Да и в будущем если вас спросят почему вы выбрали то или это, вы сможете обосновать, а не отвечать: "потому что так на тостере посоветовали"

Так, система управлениями версиями у вас есть, теперь посмотрите на автотесты, юнит тесты, прочие системы автоматизированного тестирования, затем на системы хранения версий\отдельных библиотек , затем на системы управления серверами и ПО на них, системы мониторинга, а так же та то, как это всё связать, дополнительно можно посмотреть в сторону devOps

Если рассматривать сферического коня в вакууме, то примерно так:
разработчик делает коммит в git -> git c помощью хуков проверяет синтаксис ( если это код), еще что-либо, если все окей, то коммит проходит -> некая система типа jenkins\bamboo\etc видит новый коммит, разворачивает новый поделку, затем прогоняет юнит\смоук\прочие автотесты -> если тесты не прошли, то создаёт тикет в баг трекере , если тесты прошли - проставляет метку\версию , возможно заливает результат в некий репозиторий, либо в какую-нибудь хранилку ( типа artifactory ) -> система управления серверами ( либо в ручном режиме админ ) обновляет сервера -> по окончанию - неплохо бы проверить, что покажет мониторинг и отправить письмо радости менеджеру проекта.

Как-то так, но опять же , это конь в вакууме в идеальном мире. А еще можно книжки разные почитать =)

UPD: а еще вот хороший статья - habrahabr.ru/post/197026

Владимир, стоит.
На том же nginx-e вы легко сможете настроить отдачу статики, кеширование запросов, конфигурировать будет проще и не надо будет менять код приложения, ради добавления новых плюшек.
Касательно безопасности, nginx сможет вам помочь, если вы захотите спрятать код от внешних сервисов ( взлом сервера с nginx, не коснётся сервера с бэкендом ), либо, например, если вас будут атаковать всякие китайцы, то можно без проблем подключить geoIP модуль и настроить фильтрацию по странам ( если китайцы присутствуют на этом ресурсе, то без обид :) )

Добавлю, что помимо безопасности, установка nginx поможет в будущем, если захотите изменить архитектуру приложения ( добавить несколько бэкендов, настроить балансировку и прочее )

Если данную VPS вы арендуете, то не советовал бы настраивать автоматическое обновление, лучше руками обновлять нужные вам пакеты. Не дай бог вы зацепите что-либо, что требуется для работы самой VPS

Один процесс - родительский, работает от пользователя root , другие - дочерние процессы, работают от пользователя www-data .

Попробуйте разобраться с настройками в конфиге /etc/apache2/apache2.conf

Покажите вывод команд:
ls -lah /etc/cron*/
grep root /etc/cron* -R

1. Банальное, первое что в голову пришло:
Напишите скрипт бэкапирования данных на удалённую машину ( как частный случай - бэкап БД с заранее неизвестным кол-вом баз )
Напишите скрипт который запускается по крону и считает кол-во уникальных записей из какого-нибудь лога ( access.log auth.log ) и отправляет вам на почту
Напишите скрипт, который банит подозрительные IP
Напишите скрипт который проверяет, что в нужном каталоге файлы не изменялись, можно с выводом изменённых файлов или даже изменённых строк в файле.

2. Чуть круче:
Подумайте, какая операция при работе с линуксом вам более всего не нравится и настройте её автоматизацию

3. Еще лучше:
Зайдите на www.opennet.ru/docs/RUS/bash_scripting_guide , выберите любой скрипт и попробуйте его улучшить

Для отлова где такое происходит нужно мониторить php-fpm процессы - какой запрос выполняют, сколько по времени уже выполняют, и т.п.

strace -p