Увы, если бы было решение проблемы боттинга — то думаю, оно бы уже использовалось в 99% играх.
Тут речь не только о шутерах — любую замену действий игрока действиями сторонней программы с увеличенным в разы КПД можно отнести к боттингу, будь то наведение на голову в шутерах или автокликанье в мморпг. И в теории отследить, кто выполняет действие — человек или бот — невозможно.
Я могу посоветовать только одно решение — использовать постоянно обновляемый античит, и постоянно заполнять базу хешей/алгоритмов/сигнатур читов. Например, давать игрокам плюшки за то, что они сообщают о новых читах. Это, конечно, подло, но это сократит количество читеров до минимума, т.к. как только новый чит будет появляться в паблике, он будет заносится в базу античита.