1. Для проверки попадания точки внутрь эллипса - ваше предложение наиболее разумное. Благо все преобразования аффинные и для них обратные строятся просто. Находите прообраз интересующей точки в плоскости окружности и легко проверяете попадание.
2. При аффинных преобразованиях перпендикулярные диаметры окружности перейдут в сопряжённые диаметры эллипса. Зная векторы сопряжённых диаметров
c1, c2, легко вычислить площадь эллипса
π Abs(VectorProduct(c1,c2)).
Если нужны какие-то ещё параметры эллипса, то их можно вычислить из свойств сопряжённых диаметров (в английской литературе conjugate diameters).
Главные диаметры часто строят с помощью
Rytz's consturction.