Сергей

Не думаю, что вы найдете готовое решение и уж тем более плагин.
Может это можно как-то применить?
https://github.com/anseki/leader-line

P.S. Обновлено:
https://stackoverflow.com/questions/8167616/cladog...
mbostock.github.io/d3/ex/cluster.html
https://observablehq.com/@d3/radial-tidy-tree

Можно на основе этих скриптов попробовать создать ВП плагин

1. Если на первом месте стоит удобство работы для конечного пользователя, то я бы выбрал из платных Confluence, из бесплатных Xwiki. Но если нет желания разбираться в администрировании и хочется простоты, то я бы выбрал Dokuwiki
2. БД это таблицы в явном или неявном виде, например списки или таск мэнеджер. Я дружелюбнее xwiki движка для пользователя не встречал.
XWiki — это вики второго поколения, написанная на на языке Java, лицензия распространения LGPL, функциональность включает в себя блог, инструменты API, комментарии, аутентификацию по LDAP, экспорт страниц в PDF. Так же есть возможность программирования скриптов (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP) и поддержки синтаксиса популярных Вики-движков (Confluence, JSPWiki, Creole, MediaWiki, and TWiki). Используется многими компаниями по всему миру. 25 языков интерфейса, включая русский.
Из минусов - мало кто использует среди русскоговорящих.
www.xwiki.org/xwiki/bin/view/Main/WebHome
моя статья с примером портативной настроенной версии под себя, правда с тех пор много воды утекло, фич стало ощутимо больше.
https://habrahabr.ru/post/279101

Да, всё верно, у «Яндекса» есть отдельный фильтр за кликджекинг.

https://yandex.ru/blog/webmaster/21745

Буду не в струе и посоветую простой workflowy.com - сервис, позволяющий строить иерархические списки с бесконечной вложенностью. Невероятно простой интерфейс с колоссальными возможностями.

2. Как вы решаете подобные проблемы в работе? (аккумуляция, хранения и систематизация больших объемов инфы и идей)

Есть вариант в виде ПО - www.giuspen.com/cherrytree , сам файл с записями в дропбоксе, присоедененным как раздел винта, хотя я держу на флешке вместе с установленными версиями ПО под разные ОС. Безопаснее некуда + на сам файл можно навесить пароль, что актуально при утере флешки.