Реализация такой штуки возможна, вход в систему при помощи NFC по сути ничем не отличается входа по другим токенам. По ним информации в интернете предостаточно.
Отвечаю на ваш "главный вопрос", т.к. в заголовке затронута довольно обширная область знаний.
Для решения своей задачи вы планируете использовать два активных устройства: NFC-reader и телефон с модулем NFC, соответственно, между ними можно организовать связь point-to-point.
Это означает, что вы можете организовать двунаправленный обмен любыми данными и даже реализовать свой протокол аутентификации устройств.
Для этого потребуется написать два приложения: одно для ПК, второе для телефона. Как они будут взаимодействовать - это уже на ваше усмотрение.
PS По первому пункту поищите информацию о PC/SC - это более правильное направление.
PPS В случае, когда "с NFC метки телефон считывает" данные все равно отправляются т.к. может быть несколько меток и нужно выбрать одну из них или, например, для доступа к данным на метке требуется аутентификация(например, БСК на транспорте)
