По первому вопросу.
С помощью js можно редактировать документ, добавлять кнопки \ ссылки \ текст. Собственно для этого этот язык программирования и был создан.
С помощью js можно сохранять измененный документ, но не очень удобным способом. Скрипт может создать закачку файла, а пользователю придётся указать куда сохранить его.
Ответ на второй вопрос, да можно сделать ссылки которые будут сразу открыты офисной программой:
https://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/office/dn...
Но, мне кажется вам не нужно этих сложностей, а нужна портабельная программа - блокнот.
Посмотрите, например
https://mars-soft.net/mars-notebook/