Если возможно сделать веб версию, где ваше ПО будет храниться и работать на сервере, то мне кажется надежная защита.
Даже донат в этом случае не обойти.
2) абсолют + флекс и раскрытие на js (можно нагуглить)
3) лого находится в блоке до меню, на своей строчке (100% ширины), посередине
и у лого отрицательный маргин снизу (так оно подтягивает меню выше и становится на одном уровне)
Тебе надо править свойства которые из css файла