Что то вы раньше времени замудрились.
По поводу производительности вообще можете не беспокоиться. В вашем сценарий нет нагрузки, хоть тысяча новостей у вас будет.
Если сайты на PHP ранее не писали, то правильнее будет взять мелкую CMS ориентированную на визитки, все будет ок.
Если хочется самому, то, практически все что вы написали касательно работы сайта - не правильно. Либо совсем не в теме, либо что-то страшное изобрести хотите.
Добавить админ-страницу на сервер у которой будет доступ к базе данных .... .. .. генерировать отдельный хтмл файл с этой новостью и добавлять линк на эту новость на страницу "архив новостей"
Это изврат. Держите данные в БД или в файлах. Вытаскивайте от туда данные с помощью PHP и вставляйте их на страницы сайта динамически. Не надо генерировать статику.
Далее на самом сайте джаваскрипт будет при загрузке получать данные из базы данных и грузить последнюю новость на главную страниц
Джаваскрипт из браузера к БД обратиться не может. Он может создать HTTP запрос серверу, который обработает PHP, тот уже обратиться к БД и отдаст JS'у, то что он хотел. Так делают, это называется AJAX, но совершенно не в тех целях, в которых хотите сделать это вы. Вам надо просто вывести новость на главной, для этого JS не нужен.
Еще сайт должны любить поисковики, поэтому хочу узнать, как они отнесутся к тому, что содержимое главной страницы будет меняться периодически.
У миллионов сайтов меняется главная страница - это норма.