не очень понял смысл, но видимо речь о добавлении вначале php файлов проверки аля
<?php defined('SECRET_KEY') or die('No direct access allowed.');
Соответственно в индексном файле объявляется константа SECRET_KEY. При попытке открыть php файл вне контекста выводится сообщение об ошибке.