Обращаться советую не в MS, а к крупному региональному поставщику ПО, тем более с ними же уже работаете, с какими-то. Обычно у них есть выходы на всех поставщиков и производителей, также там могут помочь и проконсультировать по вопросам лицензирования и «отбеливания» софта. По крайней мере, с «СофтЛайном» дело обстоит так.

Вариант с шифрованием, переносными дисками и прочими хитростями, которые будут призваны обмануть проверяющих и продолжить работать на пиратском ПО — крайне не советую, приведёт к параноидальному психозу: за каждым пришедшим в офис будет мерещиться проверяющий, будете вздрагивать от неожиданных звонков и прятаться под кровать при звуках сирены на улице. Шучу, но в каждой шутке…

Опять же, внедряйте GPL или подобное свободное ПО, где возможно. Обращайте только внимание, что не всё ПО, свободное для домашнего использования, можно применять в коммерческих целях (например, FastStone — дома можно, на работе — купи лицензию).

Коллега, да я прекрасно знаю про бекапы, про нормальные хардовые рейды - у меня сейчас серверов штук 15 и небольшой ЦОД крутится, со своими хранилками. Мы не о том.
Вопрос вы не поняли: домашний RAID я могу организовать двумя способами: через контроллер матери, и средствами ОС. Есть ли разница, на практике, между такими вариантами?

Насчёт защиты данных - вы неправы, я защищаюсь от повреждения диска, что для домашнего винта весьма актуально. Бекап - защитит от повреждения самих данных, что случается реже.