Почему у вас в заголовке вопрос о связке 1С с ГИТом (система версионирования), а в теме вопроса совсем уже другой - о постановке задач и отслеживания их выполнения? Определитесь о чем вы вообще спрашиваете!
1) С GIT есть несколько вариантов работы - от банальной выгрузки конфигураций и хранения их в репозитории (бессмысленно и беспощадно, уже лучше пользоваться стандартным хранилищем), до более осмысленного и полезного, но слегка через ass метода (так как нестандартный и нужно много шаманства):
infostart.ru/public/310640
2) Для постановки задач и отслеживания их выполнения существуют сотни систем платных и бесплатных, десктопных и браузерных, с локальными БД и облачных - выбирайте на любой вкус. Вплоть до того, что раз вам нравится 1С, то можете использовать решение СППР, которое они сами используют для своей разработки в центральном московском офисе -
v8.1c.ru/model 
