Старая история. Обычно связана с дисковыми квотами.
Но не факт.
После того, как год назад 2 сервера ушли в глубокий даун и даже разработчики VestaCP ничего не смогли или не захотели сделать, отказался от этого поделия.
накатил на него Весту, чтобы было проще администрировать
/home/admin/web/
Молодец, продолжай в том же духе. Запускать скрипты от имени администратора отличная идея.
Адрес домашней директории небходимо указать в конфигурации хоста. У вас это может быть как Nginx, так и Nginx+Apache2
Запускать пачками по 20-30 шт. и по ситуации оптимизировать. Если особых аномалий в зависимости от дня недели не предвидется, то за пару дней всё настроится. Это время на сбор статистики.