Sanes

Если структура одинаковая, то почему нет? В вашем примере это пользователь. Тоже самое может быть с типами публикаций (блог, новости и т.п.).
Сущность одна, но типы разные.

Phalcon уже мёртв. Его даже обычный Modx делал.
https://modx.pro/sites/7711

Битрикс24

https://www.maxmind.com/en/home

Доп. ПО устанавливать придется в любом случае. Как они по-вашему раздавать будут?

Альтернативные версии PHP в другом месте находятся.
/opt/php72/bin/php

Стоит задача реализовать интернет-магазин

Про велосипеды не может быть речи.

Это плохон тон.
Любая из популярных платежных систем имеет планировщик. Пользователь сам может настроить регулярные платежи.

Как валидно настроить права для nginx и php-fpm?

Если допустимы частичные данные, то можете каждый шаг сохранять. Если нужны все, то на последнем шаге.
Как в примере, обычно разделяют и пользователь может потом вернуться для дополнения недостающими данных.

Отдайте в ответ новые данные и их выводите.

Используйте нормальный режим работы php. FasCGI/CGI/PHP-FPM.
Тогда не будут возникать проблемы с правами. Т.к. скрипты будут запускаться от отдельного пользователя.
По-умолчанию у вас сейчас Apache prefork + mod_php. Это самый старый и убогий режим работы.

https://dev.hh.ru/ а так?

Вроде правильно понимаете. Но это далеко не ТЗ.

Правильно. Часовые пояса лучше регулировать в конечном приложении.
Я везде выставил UTC, кроме приложения. Так проще оказалось.
Timezone при отредактированном формате в моделе Laravel?