Sanes

ActiveDirectory/LDAP

Это не про хостинг. Перечисленные вами панели относятся к классу хостинговых.
Конфиги можете править или переопределять в любой. В зависимости от панели, делается это разными способами.
API тоже есть практических у всех популярных. Как минимум у коммерческих.

https://github.com/angristan/wireguard-install
https://github.com/hwdsl2/wireguard-install

Windows 10 должен нормально работать. Если процессор не совсем мертвый. Ничего вы на линуксе не выиграете. Можете только потерять за счет драйверов.

Одно и тоже. Перейди, если руки чешутся.

Ниразу не пригодился. Иногда для веб-приложений ставят. Когда у вас неконтролируемые CMS или самопальные скрипты. Например если у вас публичный хостинг, то ставить надо.

LXD. Там есть как LXC, так и Quemu VM. Бонусом будет Rest API.
Подключается за 5 минут..

PHP-FPM. Работает и с Apache и с Nginx.