Запусти через php-cli или shell_exec() В конце shell команды амперсанд & Это фоновое выполнение bash скриптов.
Пока руки до очередей не дошли, я у себя так запускал длительные процессы.
PHP-FPM позволит гибко настроить каждый хост и научит хорошим манерам, запускать каждый пул от отдельного пользователя.
Классические примеры в интернетах, это Apache + mod_php даже не смотрите.
Обычно Apache по-умолчанию в режиме mpm-prefork. В этом режиме самый глючный и неправильный режим работы mod_php. Если так хочется использовать mod_php, то выбирайте режимы mpm-itk или mod_ruid2.
Более или менее универсальный режим это PHP-FPM.
Потому что у вас ISPmanager и PHP в режиме CGI. Переходим на уровень пользователя и выбираем в левом меню пункт PHP. Там и отредактируете значение. Вот вам небольшой лайфхак.
Один сайт - один пользователь. Чтобы могли нормально разруливать настройки CGI.
Чтобы разрешить смешивание доменов, в /usr/local/mgr5/etc/ispmgr.conf добавляем строку Option InsecureDomain и перезапускаем панель.
