Если вы пропишите закрытие окна, под которым на самом деле подразумевается удаление его из DOM страницы, то тогда вам придется добавлять обработчики на добавление этих окон при повторном открытии. Гораздо легче скриптами останавливать воспроизведение.
$('СЕЛЕКТОР ОКНА С ФРЕЙМОМ .window__close').click(function() {
$(parentWindow).remove();
});
после этого события, данное окно уже не откроется, пока не обновится страница...
Вместо $(parentWindow).remove(); все-таки лучше стопануть музон, если сайт с музыкой ваш то вы должны знать как, если сторонний, то можно подсмотреть у них