RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-fПо этому правилу у вас и срабатывает, до следующего не доходит.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/bitrix/urlrewrite.php$
RewriteRule ^(.*)$ /bitrix/urlrewrite.php [L]
Также у меня было такое с новодельной флешкой Kingston - она не сразу инициализировалась, и старые BIOS банально зависали даже при попытке её прочитать (решение было - войти в BIOS, вставить флешку, подождать немного и перезагрузиться, тогда она начинала видеться).