Станислав Б

в качестве возможной наводки могу подкинуть rikbruil/doctrine-specification happyr/doctrine-specification

гуглите про виртуальные методы/функции

Можете копнуть в сторону https://packagist.org/packages/nxp/russian-porter-... и аналагов

Ну не все конечно безнадежно, но видно что опыта у вас нет, и вам пока только учиться.

Ознакомьтесь с psr 1 2 4 а то с оформлением и неймспейсами у вас не очень.
Берите пхп 7.1 и пишите с тайп-хинтами
Посмотрите как сделаны микрофреймворки современные lumen, slim, zend-expressive, т.к. в плане архитектуры, назовем это так, у вас действительно плохо.
Про паттерны почитайте.

Fatal error: Class 'HomeController' not found

у вас в переменной controller_name лежит 'HomeController' без неймспейса, и могу предположить что реально он у вас в неймспейсе controllers. в таком случае композер тут не при чем.

git log --name-status

Я бы сделал упор на базы данных. Дополняет не только пхп, и на зп положительно сказывается.