PHP работает модулем сервера. Примерно: когда вы посылаете запрос серверу получить какойто файл, то сервер берёт этот файл, отправляет (например index.php) в модуль PHP, потом PHP когда выполнит скрипты с документом сразу возвращает его серверу, а сервер даёт его вам. То что вы хотите, так и есть уже на самом деле.
При использовании Cookies необходимо иметь в виду что Cookies должны устанавливаться до первого вывода информации в браузер (например, оперетором echo или выводом какой-либо функции). Поэтому желательно устанавливать Cookies в самом начале скрипта.
Это?