Percentage Used - это ориентировочный износ накопителя. Он определяется по объёму записи, за 100% принимается некое расчётное значение. На диске с системой у вас постоянная запись, скорее всего там находится база данных и своп. Диск с файлами сайта практически не используется, скорее всего, значительная часть постоянно используемых файлов отдаётся из кэша в оперативной памяти.
Но запасные блоки ещё не задействованы (Available Spare: 100%), значит диск пока можно не менять.
Percentage Used: 2%
Data Units Written: 23,510,229 [12.0 TB]
Percentage Used: 134%
Data Units Written: 1,602,371,132 [820 TB]
134 / 820 * 12 = 1.96 ≈ 2
