int min;
min = 0;
for (int i = 0; i < 5; i += 1) {
for (int j = 0; j < 5; j += 1) {
if (arr[i][j] != 0 && (min == 0 || arr[i][j] < min)) {
min = arr[i][j];
}
}
}
foreach ($data->mainarr->arr2 as $item) {
doSomething($item);
}
должна работать независимо от того, один элемент arr2 или несколько.