По идее не должно быть проблемой что для мобилки и для десктопа будет разная верстка выводиться, главное что сам контент одинаковый. Единственное что учти что нужно будет микроразметку сделать на обоих версиях.
Я где-то на тостере спорил до усера на эту тему и был уверен что повлияет негативно. В итоге мне показали несколько «белых» коммерческих проектов в топе яндекса и гугла с h1 в display:none на главной. Хотите поищите ту тему у меня в ответах.
Дубликации не произойдет. Когда вы будете отправлять индекс сайтмап на переиндексацию бот будет обходить все урлы из всех карт и может так случится что просто не дойдет до новой страницы так как кончатся лимиты. Если у вас шило в одном месте и хочется делать все строго по правилам гугла, то настраиваете ответы сервера if-modified-since и last-modified, и тогда можете отправлять индексную сайтмапу, бот с очень высокой вероятностью дойдет до нужного урла. Дай мне бог терпения.
