Роман

На сколько я помню в PHP-FPM8 не поддерживаются директивы php_flag и AddType
А Nginx вообще htaccess игнорит если запросы через него

Но как вариант можно заменить htaccess на

<FilesMatch "\.(php|cgi|pl|fcgi|fpl|phtml|shtml|php2|php3|php4|php5|asp|jsp)$">
    Require all denied
</FilesMatch>

Ну и можно запретить выполнять файлы (указав директорию)
php_admin_flag engine Off

лучше позже, чем никогда...
bootsrtap.js и bootstrap.min.js это одна и та-же библиотека, поэтому вызов модального окна отрабатывается дважды, т.е. окно открывается и тут-же закрывается. Оставьте только bootstrap.min.js и всё будет работать.

никогда не работайте на fixed-price
почасовка - единственный честный и относительно безболезненный способ работы
потому что и вы и заказчик за достаточно дешево могут через день-два оборвать контракт если что-то откровенно идет не так.
тогда и вы получили за потраченное время компенсацию и заказчик сэкономил деньги и что важнее время, а не ждал неделю-две-месяц что б узнать что ничего не готово.
во время работы что-то может изменить или остановиться или пойти в другом направлении. это не новость. в этом случае почасовка опять же играет на руку обоим сторонам.
изменился скоуп и слезли дедлайны - при почасовке это нормально.
дальше, по окончании проекта - любые доработки так же будут стоить заказчику почасовый рейт и это будет охлаждать его пыл, либо - вы будете дальше честно получать свою почасовую пайку.
в общем все счастливы.

а fixed-price это прям рассадник нервов, кидалова со обоих сторон, недопонимания, психов и разочарования

Я использовал TopTracker. Программа может делать скриншоты экрана (экранов если их несколько, и даже с веб камеры, все это настраивается и отключается) в установленный интервал времени и отправляет его на сервер, ведет трекинг времени и привязывает скриншоты к рабочим промежуткам времени. Можно отменять сделанный скрин, если вдруг засветилась конфиденциальная инфа например, можно трекать время вручную (без скринов получается), например что вы с 9 утра до 12 работали.
Как я понял, сам начальник регистрировался, создавал в аккаунте проект. Подключал меня к нему, я мог просматривать свой учет времени и редактировать его.

Надо заархивировать, закачать, разархивировать

Можно ли использовать global в php?

"Господа - вы звери, господа!" (с) "Жестокий романс"
Лить куда-то в realtime бекап с сервера БД на другой хост - это извращение высочайшего уровня! (...и балансирует на грани нищебродства)
Либо уж если так делаете - нужно будет добавлять проверку на то, что бекап валидный (типо пробовать после создания развернуть из бекапа базу...)
Простой пример: в момент создания бекапа кратковременно пропадает сетевой коннект (а возможно и многократно... величина исчезновения связи между хостами - от нескольких миллисекунд до 1-3 секунд...). Есть вероятность, что программа бекапирования не успеет "среагировать" на такие коллизии и по завершению процесса выдаст что бекап успешно создан! Хотя такую бекап-копию - сразу на помойку...
Ибо уже кровью не одного поколения админов выписан разумный алгоритм: создаётся "локальная" бекап-копия и потом выливается уже на необходимый хост... При нынешних ценах на SATA-винты (десяток на ведро!) - разумнее купить и поставить самый дешёвый SATA-винт, чем заниматься извращениями, ИМХО...