Как обычно, смотря что и как.
LVM и, тем более, физический раздел — только гостевая и может дефрагментировать. Фрагментация LVM кусками по 4мб ничего не решит.
Если VM живёт на файле:
дефрагментация должна выполняться и на хосте и на виртуалке.
Потому что фрагментация может быть кошмарная (числа рандомные):
запрашивается файл. Гостевая видит, что он в LBA 5723-5730, 8765-8800 и просит эти сектора. Хост видит запрос, транслирует по фрагментации файла и с реального диска пойдут уже запросы, чтобы получить изначальные 5723-5728 с одной области диска, 5729-5730 с другой, 8765-8780 с третьей и 8780-8800 с четвёртой.
Так, если дефрагментировать хостовую ФС — получим 2 позиционирования диска, вместо 4х, если только гостевую — как повезёт (т.к. адресация гостя действительно не имеет ничего общего к хостовой), если обе сразу — то получим 1 операцию.
Если же взять в пример ту же самую гостевую систему, но дефрагментированную хостовую (что не редкость при использовании файла-образа фиксированного размера, который 1 раз положили и не трогают) — то, помимо некоторого оверхеда на обслуживание самого файла в ФС хоста и кучи разных кэшей, получаем прозрачную трансляцию адресов гостя в адреса физического диска и прямое влияние фрагментации гостевой ФС на работу диска.
