Не знаю как это устроено в первой части. Работаю со второй. На dev версии это делается очень просто, одной командой:
php app/console doctrine:schema:update --force
Она создаст все необходимые поля, индексы, изменит где необходимо и что необходимо.
Для боевой версии это решение разработчики не рекомендуют:
Warning! This should be done only in dev environment! We recommend using Doctrine migrations, to safely update your schema.
Рекомендуется использовать миграции. Это бандл для доктрины DoctrineMigrationsBundle. Тут подробно написано про него и как им пользоваться
symfony.com/doc/current/bundles/DoctrineMigrations...